La proiezione consiste nel disegnare una molecola in due dimensioni (piano). Nella proiezione di Fischer la molecola è disegnata a forma di croce con i sostituenti che vanno in fondo al piano in verticale e i gruppi che escono verso di noi in orizzontale, il punto di intersezione di entrambe le rette rappresenta il carbonio proiettato.
Sebbene sia consuetudine lasciare la catena di carbonio verticale, la molecola può essere ruotata in modi diversi, dando origine a proiezioni di Fischer che sembrano essere diverse ma in realtà rappresentano la stessa molecola.
Per verificare che la proiezione sia corretta, daremo la notazione R/S alla molecola e alla sua proiezione.
Si noti che con l'idrogeno sull'orizzontale, lo spin fornisce la notazione modificata.
Ora faremo la proiezione di una molecola con due centri chirali
Per proiettare una molecola in Fischer è necessario disegnarla nella conformazione eclissata. I sostituenti che rimangono nel piano sono posti sopra e sotto la proiezione. I gruppi che escono verso di noi (cunei) sono disposti a destra nella proiezione, e quelli che vanno verso il basso (linee tratteggiate) sono disposti a sinistra. 
