Gli isomeri sono molecole che hanno la stessa formula molecolare ma strutture diverse. È classificato come isomeri strutturali e stereoisomeri. Gli isomeri strutturali differiscono nel modo in cui i loro atomi sono legati e sono classificati in isomeri di catena, posizione e funzione. Ad esempio, disegniamo gli isomeri strutturali di formula C₂H₆O .

[1] Etanolo

[2] Dimetil etere

Esistono solo due modi per unire gli atomi che generano composti diversi. Nell'etanolo, l'ossigeno è legato a un carbonio e un idrogeno. In dimetil etere è attaccato a due atomi di carbonio. Questi sono isomeri strutturali poiché gli atomi sono legati in modo diverso in entrambe le molecole. Poiché appartengono a diversi gruppi funzionali (alcool ed etere) sono classificati come isomeri funzionali.

Il pentano e il 2-metilbutano sono isomeri a catena singola, entrambi con formula C ₅ H ₁₂ . Il pentano è un alcano a catena lineare mentre il 2-metilbutano ha un ramo.

[3] Pentano

[4] 2-Metilbutano

Ancora una volta si noti come gli atomi siano legati in modo diverso in entrambe le molecole.

Il 2-pentanolo e il 3-pentanolo sono isomeri posizionali. Il gruppo idrossile occupa una posizione diversa in ogni molecola.

[5] 2-pentanolo

[6] 3-Pentanolo

Negli stereoisomeri, gli atomi sono collegati allo stesso modo in entrambe le molecole. La differenza sta nel diverso orientamento spaziale degli atomi o gruppi di atomi. Gli stereoisomeri sono classificati come isomeri geometrici (cis-trans), enantiomeri e diastereoisomeri.