I tre atomi di carbonio del ciclopropano giacciono sullo stesso piano, a differenza degli altri cicloalcani che non sono planari. Il ciclopropano è caratterizzato da una grande deformazione angolare dovuta ad angoli di legame ben al di sotto di 109,5°. L'enorme stress a cui è sottoposto il ciclo fa piegare i legami carbonio-carbonio verso l'esterno, dando origine a legami molto caratteristici detti "a banana".

Il ciclopropano ha tre idrogeni uno di fronte all'altro (idrogeni eclissati), che aumentano ulteriormente la tensione della molecola. È per questo motivo il cicloalcano più instabile.