La projection consiste à dessiner une molécule en deux dimensions (plan). Dans la projection de Fischer, la molécule est dessinée en forme de croix avec les substituants qui vont vers le bas du plan à la verticale et les groupes qui sortent vers nous à l'horizontale, le point d'intersection des deux lignes représente le carbone projeté.
Bien qu'il soit habituel de laisser la chaîne carbonée verticale, la molécule peut être tournée de différentes manières, donnant lieu à des projections de Fischer qui semblent différentes mais représentent en fait la même molécule.
Pour vérifier que la projection est correcte, nous allons donner la notation R/S à la molécule et sa projection.
Notez qu'avec l'hydrogène à l'horizontale, le spin donne la notation modifiée.
Nous allons maintenant faire la projection d'une molécule à deux centres chiraux
Pour projeter une molécule dans Fischer il faut la dessiner dans la conformation éclipsée. Les substituants qui restent dans le plan sont placés au-dessus et au-dessous de la projection. Les groupes qui sortent vers nous (coins) sont disposés à droite dans la projection, et ceux qui vont vers le bas (lignes pointillées) sont disposés à gauche. 
