Le groupe amino est protégé pour empêcher sa réaction avec le groupe acide du deuxième acide aminé. Une fois la liaison peptidique formée, une déprotection est effectuée, laissant à nouveau le groupe amino libre.
Le chloroformiate de benzyle (CBZ-Cl) est utilisé comme groupe protecteur de l'aminé, le transformant en amide.
La déprotection du groupe amino est réalisée par hydrogénation catalysée au palladium.
Un autre réactif largement utilisé pour protéger le groupe amino est (BOC) 2 O
La déprotection du groupement est effectuée, dans ce cas, avec de l'acide bromhydrique aqueux.
