Die drei Kohlenstoffatome von Cyclopropan liegen im Gegensatz zu den anderen Cycloalkanen, die nicht planar sind, in derselben Ebene. Cyclopropan ist durch eine große Winkeldehnung aufgrund von Bindungswinkeln weit unter 109,5° gekennzeichnet. Die enorme Belastung, der der Kreislauf ausgesetzt ist, bewirkt, dass sich die Kohlenstoff-Kohlenstoff-Bindungen nach außen biegen, wodurch sehr charakteristische Bindungen entstehen, die als "Bananen" -Bindungen bezeichnet werden.

Cyclopropan hat drei einander zugewandte Wasserstoffe (eclipsed hydrogens), die die Spannung des Moleküls weiter erhöhen. Aus diesem Grund ist es das instabilste Cycloalkan.