Les photons du rayonnement infrarouge sont absorbés par les liaisons d'une molécule, passant à des niveaux vibratoires plus élevés.

Chaque type de liaison absorbe le rayonnement infrarouge à une fréquence différente, ce qui permet de déterminer le type de groupes fonctionnels de la molécule étudiée. Les spectrophotomètres infrarouges fonctionnent dans l'infrarouge moyen et balayent de 4 000 $cm^{-1}$ à 400 $cm^{-1}$

Traditionnellement, l'axe des abscisses des spectres infrarouges utilise le nombre d'ondes ($\bar{\nu}$, lisez "nu bar"') et est défini comme l'inverse de la longueur d'onde en cm. $\bar{\nu}=\frac{1}{\lambda}$. L'axe des ordonnées représente le pourcentage de rayonnement transmis (transmittance) qui est représenté par $\%T$. La forme du spectre infrarouge de l'hexane est illustrée ci-dessous.

Les spectres qui apparaissent dans cette section proviennent de : http://riodb01.ibase.aist.go.jp/sdbs/cgi-bin/direct_frame_top.cgi

Les bandes représentent les zones où les liaisons de la molécule absorbent le rayonnement infrarouge. Dans les bandes, la transmittance est petite et l'absorbance est grande.