Os fótons da radiação infravermelha são absorvidos pelas ligações de uma molécula, passando para níveis vibracionais mais elevados.

Cada tipo de ligação absorve a radiação infravermelha em uma frequência diferente, o que permite determinar que tipo de grupos funcionais a molécula em estudo possui. Espectrofotômetros infravermelhos trabalham no infravermelho médio e digitalizam de 4000 $cm^{-1}$ a 400 $cm^{-1}$

Tradicionalmente, o eixo x do espectro infravermelho usa o número de ondas ($\bar{\nu}$, leia-se "nu bar"') e é definido como o inverso do comprimento de onda em cm. $\bar{\nu}=\frac{1}{\lambda}$. O eixo y representa a porcentagem de radiação transmitida (transmitância) que é representada por $\%T$. A forma do espectro infravermelho do hexano é mostrada abaixo.

Os espectros que aparecem nesta seção foram retirados de: http://riodb01.ibase.aist.go.jp/sdbs/cgi-bin/direct_frame_top.cgi

As bandas representam áreas onde as ligações da molécula absorvem a radiação infravermelha. Nas bandas a transmitância é pequena e a absorbância é grande.