Foton radiasi infra merah diserap oleh ikatan molekul, melewati tingkat getaran yang lebih tinggi.

Setiap jenis ikatan menyerap radiasi infra merah pada frekuensi yang berbeda, yang memungkinkan untuk menentukan jenis gugus fungsi apa yang dimiliki molekul yang diteliti. Spektrofotometer inframerah bekerja pada pertengahan inframerah dan memindai dari 4000 $cm^{-1}$ hingga 400 $cm^{-1}$

Secara tradisional, sumbu x spektrum inframerah menggunakan jumlah gelombang ($\bar{\nu}$, baca "nu bar"') dan didefinisikan sebagai kebalikan dari panjang gelombang dalam cm. $\bar{\nu}=\frac{1}{\lambda}$. Sumbu y mewakili persentase radiasi yang ditransmisikan (transmitansi) yang diwakili oleh $\%T$. Bentuk spektrum inframerah heksana ditunjukkan di bawah ini.

Spektrum yang muncul di bagian ini diambil dari: http://riodb01.ibase.aist.go.jp/sdbs/cgi-bin/direct_frame_top.cgi

Pita mewakili area di mana ikatan molekul menyerap radiasi infra merah. Di pita transmisinya kecil dan absorbansinya besar.