Фотоны инфракрасного излучения поглощаются связями молекулы, переходя на более высокие колебательные уровни.

Каждый тип связи поглощает инфракрасное излучение на разной частоте, что позволяет определить, какой тип функциональных групп имеет исследуемая молекула. Инфракрасные спектрофотометры работают в среднем инфракрасном диапазоне и сканируют от 4000 $см^{-1}$ до 400 $см^{-1}$

Традиционно ось x инфракрасных спектров использует количество волн ($\bar{\nu}$, читается как «nu bar»') и определяется как величина, обратная длине волны в сантиметрах. $\bar{\nu}=\frac{1}{\lambda}$. Ось Y представляет собой процент прошедшего излучения (коэффициент пропускания), который представлен $\%T$. Форма инфракрасного спектра гексана показана ниже.

Спектры, представленные в этом разделе, взяты с: http://riodb01.ibase.aist.go.jp/sdbs/cgi-bin/direct_frame_top.cgi .

Полосы представляют области, где связи молекулы поглощают инфракрасное излучение. В полосах пропускание мало, а поглощение велико.