Les règles pour donner une configuration absolue à un centre stéréogène sont les suivantes :
1. Donner la priorité aux groupes qui partent du centre stéréogène par numéro atomique
2. Dans le cas des isotopes, la priorité est donnée par la masse atomique.
3. Si la rotation, suivant les trois groupes les plus prioritaires avec le quatrième en bas, se fait dans le sens des aiguilles d'une montre, le centre stéréogénique est R.
4. Si la rotation est dans le sens antihoraire, le centre stéréogène est S.
Les sels d'ammonium avec quatre substituants différents sont des composés chiraux, la notation pour l'azote chiral est la même que pour le carbone.
Les amines peuvent également être chirales si leurs trois substituants sont différents, la seule paire étant le groupe prioritaire d. Cependant, les amines chirales se racémisent en raison de l'inversion de l'azote et les énantiomères purs ne peuvent pas être isolés.
Dans les ions oxonium, l'oxygène se comporte comme un centre stérogène, donnant naissance à des molécules chirales.