Buenas que tal.
Desde el ChemDraw es imposible guardar en formato .gif.
Te recomiendo que uses el Chem3D. Para ello es tan facil como dibujar tu molécula en el ChemDraw y guardarlo, luego desde el Chem3D lo importas y le das a "Save as" ahi marcas exportar en .gif (Cuidado si buscas por gif que hay 2 tipos uno de Gaussian y luego el que te interesa que es Graphics Interchange Format, bueno finalmente en la parte de abajo salen diversas opciones como poner "frame" y "DPI" que es el numero de transiciones o puntos que se dan.
Un saludo
LM