Hola¡¡
Se utiliza un aparato de reflujo para evitar que durante ese tiempo, el volumen de la mezcla de reacción disminuya. Con ello se evita enviar demasiado vapor de acido clorhídrico al ambiente y tambien te aseguras de que el medio de reacción no se queda seco, o mejor dicho sin liquido, lo que puede romper el material de vidrio y arruinar el experimento. Lo de las perlas es simplemente para ayudar en la ebullición. Su superficie rugosa es perfecta para que se formen las burbujas de gas durante la ebullición del disolvente, en tu caso, agua. Así no se forma burbujeos violentos y la ebullición es constante y calmada.
Los dos siguientes puntos tienen como objetivo disminuir la solubilidad del compuesto en el agua. Primero, enfriando y luego, dado que tu compuesto se trata de una molécula anfotera, es decir, que es capaz de reaccionar con bases y con acidos,variando el pH. Algo parecido le pasa a los aminoacidos (ya que al igual que tu compuesto, contienen grupos basicos (amino) y grupos acido (acido carboxilico)). Estos forman, en su forma "nativa" una especie que se conoce como zwiterion en el que se sabe que aunque sus grupos esten cargados, positiva o negativamente, el compuesto es electricamente neutro. En este punto el compuesto presenta un pKa determinado (el cual desconozco). Con un pH por encima o por debajo de ese pKa el compuesto deja de ser neutro, lo que afecta a su solubilidad. Por ello lo de que el pH este entre 5 y 6, porque es el intervalo de pH en el que el compuesto es menos soluble, según el procedimiento.
Espero haberte ayudado, un saludo¡