Il gruppo amminico è protetto per impedire la sua reazione con il gruppo acido del secondo amminoacido. Una volta formato il legame peptidico, viene eseguita la deprotezione, lasciando nuovamente libero il gruppo amminico.
Il benzil cloroformiato (CBZ-Cl) viene utilizzato come gruppo protettivo per l'ammino, trasformandolo in un'ammide.
La deprotezione del gruppo amminico viene effettuata mediante idrogenazione catalizzata da palladio.
Un altro reagente ampiamente utilizzato per proteggere il gruppo amminico è (BOC) 2 O
La deprotezione del gruppo viene effettuata, in questo caso, con acido bromidrico acquoso.
