Gugus amino dilindungi untuk mencegah reaksinya dengan gugus asam dari asam amino kedua. Setelah ikatan peptida terbentuk, deproteksi dilakukan, sekali lagi membiarkan gugus amino bebas.
Benzyl chloroformate (CBZ-Cl) digunakan sebagai gugus pelindung untuk amino, mengubahnya menjadi amida.
Deproteksi gugus amino dilakukan dengan hidrogenasi yang dikatalisis paladium.
Reagen lain yang banyak digunakan untuk melindungi gugus amino adalah (BOC) 2 O
Deproteksi gugus dilakukan, dalam hal ini, dengan asam hidrobromat berair.
