O grupo amino é protegido para evitar sua reação com o grupo ácido do segundo aminoácido. Uma vez que a ligação peptídica é formada, a desproteção é realizada, novamente deixando o grupo amino livre.
O cloroformato de benzila (CBZ-Cl) é utilizado como grupo protetor do aminoácido, transformando-o em amida.
A desproteção do grupo amino é realizada por hidrogenação catalisada por paládio.
Outro reagente amplamente utilizado para proteger o grupo amino é (BOC) 2 O
A desproteção do grupo é realizada, neste caso, com ácido bromídrico aquoso.
