Аминогруппа защищена, чтобы предотвратить ее реакцию с кислотной группой второй аминокислоты. Как только пептидная связь образована, снимается защита, снова оставляя аминогруппу свободной.
Бензилхлорформиат (CBZ-Cl) используется в качестве защитной группы для амино, превращая его в амид.
Снятие защиты с аминогруппы осуществляют гидрированием, катализируемым палладием.
Другим широко используемым реагентом для защиты аминогруппы является (BOC) 2 O.
Снятие защиты с группы в этом случае проводят водным раствором бромистоводородной кислоты.