Реакция Дильса-Альдера является стереоспецифической, она дает один диастереоизомер. Чтобы нарисовать стереоизомер, образованный в системе Дильса-Альдера, соблюдаются три правила:
1. Дильс-Альдер сохраняет стереохимию диенофила .
Если алкен представляет собой цис, то в конечном продукте заместители остаются цис.

2. Реакция Дильса-Альдера сохраняет стереохимию диена.
Если заместители расположены снаружи диена, в конечном аддукте они остаются в цис-группе. Если один заместитель находится внутри, а другой снаружи, они останутся в продукте в транс-форме.

3. Дильса-Альдера — ЭНДО-реакция.
Алкеновые заместители, которые приближаются к эндо, являются цис-по отношению к диеновым заместителям, которые ориентированы наружу.

Эндопродукт является кинетическим и получается при умеренной температуре. Из-за большей стабильности экзопродукт является термодинамическим и получается при более высокой температуре.
В случае использования циклических диенов получают бициклические соединения. В эндо-подходе алкеновые заместители расположены эндо на бициклическом соединении (на противоположной стороне мостика). Группы, приближающиеся к экзо, остаются экзо в бициклическом соединении (ориентированы на мостик).
