Hola, la diferencia radica en la fortaleza de la base. El agua es una base muy débil que da mayoritariamente SN1 con sustratos terciarios (aunque puede acompañarse de pequeñas cantidades de E1).
El amoniaco es una base intermedia, es capaz de dar sustitución con sustratos secundarios pero con terciarios elimina mayoritariamente.

Recuerda:

Bases débiles: H2O, alcoholes, AcOH, cloruro, bromuro, yoduro. (dan SN1 con sustratos terciarios)
Bases Intermedias: Fluoruro, azida, amoniaco, hidrogeno sulfuro, cianuro. (Dan SN2 con primarios y secundarios pero eliminan con terciarios)
Bases Fuertes: hidroxido, alcóxidos, amiduro (Sustitución con primarios pero eliminación con secundarios y terciarios)

Saludos