Hola Badman.
tu pregunta es que si el gluconato va a ser extraido ? o que si el aceite de oliva va a ser extraido ?? .
En cualquier caso supongo que el gluconato se añade posterior a la extracción,y no durante como tu mencionas.
El proceso mediante el cual se extrae el aceite de la oliva consta de una etapa de molienda, posteriormente de añadir agua a temperatura ambiente y por ultimo un proceso de centrifugado de la pasta, como el contenido de aceite en el fruto es alto ambas fases se separan, desconocía que se ocupara etanol en el proceso.
Con respecto a que si el gluconato es soluble en agua mi respuesta seria ,si, ya que es una sal y en una buena medida soluble en agua, si calentases el agua para mejorar su solubilidad podrías degradar el aceite, saludos.

PD respondí a la pregunta tal cual la entendí trata de ser mas claro como escribió Wilbert