Hola, es cierto que sale demasiado grueso el trazo. Fijaros de nuevo en esta entrada.
www.quimicaorganica.org/foro/acd-chemske...-acd-chemsketch.html
En las distintas pestañas hay una casilla con el valor 1.7pt, indica el ancho del trazo par enlaces simples, dobles, triples. Debéis bajar este valor para disminuir el ancho de línea. Probad con 1.2pt o 0.8 pt hasta encontrar el trazo que más os guste.
También seleccioné negrita para los átomos si preferís letra normal debéis desactivar (pulsando) la tecla B que aparece en diferentes pestañas.
Modificad esos ajustes hasta encontrar el punto deseado. No os olvidéis de pulsar \"set default\", para guardar los ajustes.
Saludos